Pertenece al grupo de parroquias eregidas por la bula del cardenal Pedro González de Mendoza en 1501. Se finalizan las obras en 1525 dirigidas por el maestro Rodrigo Hernández. Tipológicamente es un programa constructivo gótico mudéjar. Planta rectangular de 19 metros por 33 dividad en cinco tramos mediante cuatro arcos diagramas de tipo ojival sobre ménsulas. Con cinco capillas laterales. Cerramientos de tapial y de poca calidad.
En 1543 concluyen las obras de la torre en la que aparece el escudo de Francisco Niño de Guevara, séptimo arzobispo.
A partir de 1584 se realizan diversas obras de reparación y mejora por distintos maestros.
En 1614 se produjo un fuerte terremoto que causó importantes desperfectos en el templo. En 1787 se repara el aljibe situado junto a la fachada oeste.
En 1828 el 21 de febrero cae un rayo sobre la torre, según un documento conservado en el archivo de la Alhambra.
En 1830 se construye la ampliación y la entrada actual.
En 1843 se suprime la parroquia por falta de fieles y se adscribe a San José.
En 1924 se derrumba la cubierta de la sacristía. En 1926 se reparan los tejados.
En 1928 la Hermandad de San Nicolás deposita en el museo de la catedral la colección de siete tapices de Bruselas con paisajes de la historia de Constantino.
En 1539 Miguel de Quintana realiza el retablo de pintura y dorado y la imagen de San Nicolás que preside el retablo es tallada por Esteban Sánchez.
Se pagan 80.000 y 40.000 maravedies respectivamente en distintos plazos.
El 7 de diciembre de 1688 el Arzobispo funda la Hermandad de San Nicolás.
1790, Francisco de Paula Valladar describe la iglesia y en 1793 lo Mayordomos de la Hermandad de San Nicolás solicitan que se le entregue el báculo y la mitra de plata del santo antiguo, para la nueva imagen.
Entre 1797 y 1802 Juán Salmerón realiza el tabernáculo para el altar mayor.
En 1932 no aparece templete en las fotografías de la época. En el archivo parroquial se conservan detalles muy sugerentes que muestran el afecto y preocupación de los fieles que a lo largo de los siglos han contribuido a cuidar el templo.
El 10 de agosto de 1932 se producen fuertes disturbios sociales y entre otra, queman la Iglesia de San Nicolás y demuelen la cruz del mirador. Se realiza un inventario de las imágenes y objetos desaparecidos.
En 1934 el alcalde solicita al Vicario capitular hacer en el templo una biblioteca popular. Poco después se desploma la bóveda de crucería. Se solicita un crédito a Dirección general de Bellas Artes que se niega por no estar declarado Monumento Nacional.
En 1935 se constituye el comité pro-reconstrucción, promovido por Bermudez Pareja y Prieto Moreno. La comisión de monumentos autoriza el proyecto. Se publican varios artículos en relación con la consecuencia de la licencia. Se realiza una exposición de fotos en el centro Artístico.
En 1937 Prieto Moreno, Falla, Rodríguez Acosta y otro intelectuales inician una campaña para recaudar fondos. Manuel Medina en representación de los obreros de la construcción se ofrecen a ceder una día de trabajo gratuito. Por parte del Ayuntamiento se acuerda otorgar la exención de impuestos municipales. EL Arzobispo visita San Nicolás y se reparten octavillas solicitando la reconstrucción. Se recogieron más de dos mil pesetas.
Entre 1939 y 1940 se reconstruye el pavimento de la Placeta de San Nicolás y bancos de sierra Elvira.
En marzo de 1946 el Alcalde toma la iniciativa y se consiguen varios préstamos. Se reconstruye la cruz de piedra, lo muros de contención y el aljibe. La reconstrucción de la cubierta de nave mayor fue en 1947.
24 de marzo de 1948 salida de la Aurora del templo.
Consolidación de arcos trasversales en 1952.
En 1966 se pretende acondicionar para Sala de conciertos.
En 1980 se inicia el proyecto de Prieto Moreno con un presupuesto de 149.999,80 pts.
En 1987 se finalizan las obras y se abre al culto.
Debido a la poca calidad de los materiales utilizados en la restauración y a la escasez de recursos para su mantenimiento, el templo empieza a deteriorarse y a finales del siglo XX, se interrumpe el culto en el altar mayor y se traslada la imagen de San Nicolás y otros enseres a la parroquia de San José. Las actividades litúrgicas se para a a celebrarse en la segunda capilla lateral.
En 2005, fue necesario cerrar la iglesia y suprimir toda actividad debido al mal estado de las cubiertas y de las importantes humedades ocasionadas por las lluvias.
En 2012 se constituye la asociación de Amigos de San Nicolás que tienen como objetivo la restauración del templo mediante donativos y ayudas de particulares.
En 2013 se encarga al arquitecto granadino Antonio Martín Muñoz la realización del proyecto de Rehabilitación y Puesta en Valor de la iglesia de San Nicolás del Albaicín. Dicho proyecto fue informado favorablemente por la comisión Provincial de Patrimonio el 9 de julio de 2015 y remitido el 1 de octubre de 2015 al Ayuntamiento de Granada se otorgó la correspondiente licencia municipal para su rehabilitación.
El Proyecto de Rehabilitación y Puesta en valor de la Igleisa de San Nicolás busca la recuperación global del templo , tanto desde el punto de vista espacial como en lo qie atañe a estructura, instalaciones, revestimientos y propio uso del mismo.
Se refuerzan los elementos estructurales y la totalidad de la cubierta. La cúpula se recompone mediante una novedosa propuesta que permite una mayor luminosidad del templo y la permanencia de los restos de la nervaduras originales.
Las obras se contrataron con la empresa Alberto Dominguez y se iniciaron en marzo de 2016.
Actualmente están muy avanzadas, se ha ejecutado gran parte de la cubierta y de los enlucidos interiores, así como las fachadas y se está reparando la torre y la bóveda de al cabecera.
